Catedrático de Historia Moderna, ingresó en 1987 en la Academia de la Historia con un discurso sobre el Madrid de Felipe II. En 1992 ingresó como académico de mérito en la Academia Portuguesa de Historia y, en 1994, es designado, por unanimidad, profesor emérito del Colegio Libre de Eméritos.
Es autor de 38 libros y de más de 100 artículos, en su mayoría sobre la España de los Austrias, en la que es considerado uno de los máximos especialistas a nivel mundial. Su biografía Carlos V, un hombre para Europa, ha sido traducida al inglés y al alemán. La biografía de Juana la Loca se tradujo hasta al japonés. Del resto de su obra cabe destacar El Hábeas documental de Carlos V, obra considerada su mayor aportación hispana al conocimiento de la época del emperador; La sociedad española en el Siglo de Oro, Premio Nacional de Historia en 1985; dos volúmenes completos de la Historia de España Menéndez Pidal (XIX: La España del siglo XIX y XX: La España del emperador Carlos V) y sus biografías sobre Jovellanos y sobre Fray Luis de León. Con el libro Cervantes visto por un historiador ganó el premio Quijote del Año de la Sociedad Cervantina de Esquivias (2005). Gran divulgador de sus conocimientos, Manuel Fernández Álvarez quiso siempre transmitir su sabiduría. Así, en Pequeña historia de España, preparó un libro para que los más jóvenes se acercaran a la historia.
En su último libro, su obra cumbre, publicado recientemente, España Biografía de una nación (Espasa, 2010), aborda, por primera vez, una visión completa de la historia de España. “Este es mi legado. Sin ninguna duda, mi obra más importante.”
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